Đến nay, đã sửa đổi 36 điều, bỏ 9 điều, bổ sung 5 điều và giữ nguyên 10 điều. Những nội dung chính được bổ sung, thay đổi là: (1) HTX được định nghĩa là tổ chức kinh tế tập thể, hoạt động như một loại hình doanh nghiệp, có tư cách pháp nhân và tự chịu trách nhiệm về các nghĩa vụ tài chính trong phạm vi vốn điều lệ của mình; (2)Chính phủ có chính sách ưu đãi đối với hợp tác xã nông nghiệp; (3) mở rộng đối tượng tham gia hợp tác xã bao gồm cả pháp nhân và cán bộ, công chức để huy động thêm vốn, trí tuệ và sự ủng hộ nhưng chỉ với tư cách xã viên, không được trực tiếp tham gia quản lý và điều hành hợp tác xã; (4)quy định gọn về thủ tục và điều kiện đăng ký kinh doanh. Hợp tác xã được lựa chọn đăng ký kinh doanh ở cơ qua đăng ký kinh doanh cấp tỉnh hoặc ở cấp huyện; (5) đã bổ sung những nội dung quan trọng của điều lệ mà từng HTX phải lưu ý khi xây dựng điều lệ riêng; (6) HTX phải đóng BHXH bắt buộc cho xã viên là cá nhân và người lao động làm việc thường xuyên cho HTX. Tuy nhiên, quy định để Đại hội xã viên quyết định tiêu chuẩn, đối tượng cụ thể được HTX đóng BHXH bắt buộc; (7)HTX được quyền dùng lãi để trả bù các khoản lỗ của các năm trước theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp; (8) Trong HTX phải hình thành vốn tài sản chung và khi giải thể hợp tác xã không chia cho xã viên vốn và tài sản chung do Nhà nước trợ cấp mà chuyển giao cho chính quyền địa phương quản lý; (9) quy định rõ về cơ quan quản lý và cơ quan điều hành HTX trong 2 trường hợp: Thứ nhất là không tách riêng cơ quan quản lý với cơ quan điều hành và Thứ hai là tách riêng hai cơ quan này; (10) làm rõ những nội dung cơ bản về quản lý nhà nước đối với HTX và hệ thống cơ quan có trách nhiệm quản lý nhà nước đối với HTX; (11)quy định Liên minh là tổ chức kinh tế xã hội và tham gia các chương trình phát triển HTX do Chính phủ tổ chức.